Εν συνεχεία προτείνει την ανοσοθεραπεία, η οποία συνιστάται στην σταδιακά αυξανόμενη χορήγηση του αλλεργιογόνου που κανονικά προκαλεί τα συμπτώματα από μικρές όμως ποσότητες (φάση ανόδου) , μέχρι μια τελική δόση (φάση συντήρησης). Ο σκοπός της ανοσοθεραπείας είναι το ανοσοποιητικό σύστημα να πάψει να αντιμετωπίζει το αλλεργιογόνο ως επικίνδυνο και να αποκτήσει ανοχή σε αυτό.
Η ανοσοθεραπεία γίνεται με δύο τρόπους: είτε με μηνιαίες υποδόριες ενέσεις ,είτε με υπογλώσσιες σταγόνες ή χάπια καθημερινά ή κάθε δεύτερη ημέρα, ανάλογα το σκεύασμα. Η ανοσοθεραπεία συνήθως διαρκεί από 3 έως 5 έτη και θα πρέπει να θυμόμαστε ότι όσο περισσότερα χρόνια έχει διαρκέσει η αγωγή τόσο ανάλογα περισσότερα χρόνια θα διατηρηθεί η ύφεση της αλλεργίας. Αυτό που επιτυγχάνεται με την ανοσοθεραπεία είναι ο οργανισμός να ανέχεται και να μην εμφανίζει πλέον συμπτώματα όταν έρχεται σε επαφή με τα αλλεργιογόνα που πριν τον ενοχλούσαν. Αποτέλεσμα είναι να θεραπεύει την αλλεργική ρινίτιδα και το αλλεργικό άσθμα ενώ έχει και προληπτική δράση. Σε ασθενείς με αλλεργική ρινίτιδα, προλαμβάνει την ανάπτυξη άσθματος όταν αυτό δεν έχει ακόμη αναπτυχθεί ενώ σε κάθε περίπτωση μειώνει την πιθανότητα ανάπτυξης νέων αλλεργιών.
Πρακτικά είναι μια φυσική μέθοδος “εκπαίδευσης” του ανοσοποιητικού μας συστήματος, το οποίο ενώ αναγνωρίζει ως αλλεργικές-εχθρικές κάποιες ουσίες του περιβάλλοντος το εκπαιδεύουμε να τις ανέχεται και να μην εμφανίζει συμπτώματα. Πρόκειται για φυσικά εκχυλίσματα που περιέχουν καθαρά την ουσία που προκαλεί αλλεργία π.χ. Γύρεις γρασιδιών, ελιάς κτλ, δίχως να περιέχουν κορτιζόνη ή άλλο φάρμακο